Mas se Spring é o framework mais produtivo e ao mesmo tempo o mais difundido para back-end Java, não vejo nada de errado nisso, errado seria se aventurar em algo duvidoso.
O importante são os resultados para o Negócio, quanto mais esconder complexidade desnecessária melhor para a produtividade. Pra mim a comunidade evoluiu, lembro como era antigamente a comunidade Java, defendiam soluções hiper complexas sem a menor necessidade. Na época eu só estava no .NET e achava uma aberração os projetos Java, hoje é mais normal tocar um projeto Java para web usando essas soluções produtivas do Spring, embora a linguagem Java ainda deva muito para as outras.
Sobre o tópico, hoje HTTP é o que mais alimenta e integra sistemas. Certamente nao usaria EJB. Nesse cenário para web server seria somente overhead.